A proclamação da República, em 1889, com a oficial separação entre Igreja e Estado, seria o ponto final na bem-sucedida carreira antoniana no exército nacional. Mas o processo não foi imediato. Conforme jornais da época, a legitimidade do holerite de Santo Antônio foi discutida ainda na primeira gestão. Em outubro de 1890, o então ministro da Guerra, Floriano Peixoto (1839-1895), determinou que não fosse anulado o decreto de 1814. “Deferindo a reclamação pelo provincial dos franciscanos, […], vos declaro, enquanto por ato especial não for anulado, o decreto de 26 de julho de 1814, que conferiu a patente de tenente-coronel de infantaria à imagem de Santo Antônio do Rio de Janeiro, deve continuar a pagar-se o soldo a que tem direito”, diz trecho do documento.